由于受到不同地区、不同用户及国家能源政策、燃料价格的影响。水源热泵的运行效率较高、费用较低。但与传统的空调制冷取暖方式相比，不同地区不同需求的条件下，水源热泵的投资经济性会有所不同。
空气能热水器其波动的范围远远小于空气的变化。很好的热泵热源和空调冷源，水体的温度一年四季相对稳定。水体温度较恒定的特性，使得热泵机组运行更可靠、稳定，也保证了系统的有效性和经济性。不存在空气源热泵的冬季除霜等难点问题。一机多用，水源热泵系统可供暖、空调。一套系统可以替换原来的锅炉加空调的两套装置或系统。所以可以设计简单的系统，水源热泵机组由于工况稳定。部件较少，机组运行简单可靠，维护费用低；自动控制水平高，使用寿命长可达到15年以上。
由于水源热泵技术利用地表水作为空调机组的制冷制热的源，所以其具有以下优点：首先是路灯控制系统环保效益显著，进行能量转换的供暖空调系统。供热时省去了燃煤、燃气、然油等锅炉房系统，水源热泵是利用了地表水作为冷热源。没有燃烧过程，防止了排烟污染；供冷时省去了冷却水塔，防止了冷却塔的噪音及霉菌污染。不产生任何废渣、废水、废气和烟尘，使环境更优美；其次是有效节能，水体温度比环境空气温度高，水源热泵机组可利用的水体温度冬季为12-22℃。所以热泵循环的蒸发温度提高，能效比也提高。而夏季水体为18-35℃，水体温度比环境空气温度低，所以制冷的冷凝温度降低，使得冷却效果好于风冷式和冷却塔式，机组效率提高。据美国环保署EPA估计，设计装置良好的水源热泵，平均来说可以节约用户3040％的供热制冷空调的运行费用。
其实在实际工程中，水源热泵理论上可以利用一切的水资源。不同的水资源利用的利息差别是相当大的所以在不同的地区是否有合适的水源成为水源热泵应用的一个关键。据制冷快报记者了解，目前的水源热泵利用方式中，闭式系统一般成本较高。而开式系统，能否寻找到合适的水源就成为使用水源热泵的限制条件。对开式系统，水源要求必需满足一定的温度、水量和清洁度。
